Gozdovi na širšem območju Krima, kamor sodi tudi Rakitna, so med lepšimi v Sloveniji. Gozd pokriva večji del Rakiške planote razen dna kotline in nekaterih bližnjih pobočij, ki so večinoma namenjena kmetijski rabi. Po zunanjih pobočjih kotline se gozdovi spuščajo v globoko zajedene soteske v več smereh: na zahodu proti dolini Prušnice, na jugu proti soteskam Zale in na vzhodu proti Iškemu vintgarju. Na severu se gozdovi nadaljujejo v obsežen masiv Krimskega pogorja.
Kar tri četrtine gozdov na območju Rakitne predstavljajo razmeroma visoko produktivni jelovo-bukovi gozdovi, še nadaljnjih 16 % pa toploljubni bukovi gozdovi na nekoliko bolj izpostavljenih in sušnejših legah. Prvotni gozdovi so se najbolje ohranili v bolj oddaljenih ali težje dostopnih območjih, medtem ko je njihova sestava v bližini Rakitne precej bolj spremenjena.

Najpogostejše drevesne vrste v jelovo-bukovih gozdovih so navadna bukev (Fagus sylvatica), navadna jelka (Abies alba) in navadna smreka (Picea abies). Bukev zlahka prepoznamo po gladki sivi skorji in značilnih eliptičnih, okrog 8 cm dolgih listih. Njen delež v okoliških gozdovih se je v zadnjih stoletjih precej zmanjšal na račun iglavcev, vendar se v zadnjih letih spet nekoliko povečuje. Ker je ekološko razmeroma prilagodljiva vrsta, z njo resno računamo tudi v prihodnosti. Jelko od podobne smreke najlaže razlikujemo po bolj sivi in gladki skorji ter nežnejših in močneje dišečih iglicah, ki imajo spodaj po dve beli progi. Smreke je bilo v izvornih rakiških gozdovih kljub razmeroma hladnemu podnebju zelo malo, morda sploh nič. Njen delež je s pogozdovanji in pospeševanjem močno narasel šele v zadnjih nekaj stoletjih, saj se je izkazala za zelo uporabno in za gojenje preprosto drevesno vrsto. Njen delež je izrazito večji v laže dostopnih gozdovih v bližini naselij in na območjih v zaraščanju. Med plemenitimi listavci s kakovostnim in dragocenim lesom v rakiških gozdovih prevladuje gorski javor (Acer pseudoplatanus), pomembna je tudi divja češnja (Prunus avium).

Zaraščanje opuščenih kmetijskih zemljišč je v Rakitni eden najznačilnejših procesov zadnjih desetletij in poteka na več kot 15 % površine. Na račun opuščenih travnikov, pašnikov in njiv je gozd v zadnjih osmih desetletjih svojo površino povečal za več kot 60 odstotkov. Z zaraščanjem nastali gozdovi, ki se vse bolj širijo tudi na ravninski del, večinoma niso kakovostni in še dolgo ne bodo dajali pravih ekonomskih učinkov, poleg številnih grmovnih vrst pa so v njih najpogostejše drevesne vrste rdeči bor (Pinus sylvestris) in navadna breza (Betula pendula), ki se uveljavita na plitvih in revnejših tleh, ter navadna smreka, ki je najpogostejša drevesna vrsta pri zaraščanju na boljših tleh.