Melioracija in izgradnja jezera
Mreža potokov je na Rakiški planoti razmeroma malo razvejana. Vode se zbirajo pod okoliškimi hribi (Vrh Zale, Novaška gora) in poniknejo v Ponikvah severno od vasi. V preteklosti so vode oblikovale močvirno poplavno območje, ki so ga prepredali meandrirajoči potoki. Bregove je obraščala naravna močvirna vegetacija, šašja in rogozi. Kjer niso bili košeni, so bili obrasli z vrbami rakitami, ki so značilne za stalno omočena območja. V poplavnih delih so bila nizka barja in mokrotni travniki, ki so mestoma ohranjeni še danes. Zaradi kraških lastnosti prispevnega območja so nekateri deli potokov v sušnem delu leta presahnili. Mestoma so bile večje depresije, v katerih je bila voda vse leto. Ena takšnih je bila na mestu današnjega jezera.

Jezero so leta 1962 najprej poskusno zajezili vaški prostovoljci, da bi spodbudili razvoj turizma. Dve leti kasneje so izkopali mehko zemljino ter zgradili utrjene brežine in betonski jašek za uravnavanje vodostaja in občasne izpuste vode. V preteklosti so jezero vsakih nekaj let izpraznili, da bi izprali mulj ter z dna pobrali odvržene predmete. V času izgradnje jezera so poglobili in uravnali tudi strugo potoka. V prvotnem, vijugastem stanju so ostali le zgornji gozdni odseki.

Rezultat vseh teh posegov je zmanjšano poplavno območje. Danes se že kažejo nekatere njihove negativne posledice. Mokrotni travniki se zaraščajo s črno jelšo, regulirani potoki, kjer je pogosto odstranjena tudi vsa lesna vegetacija, imajo slabšo samočistilno sposobnost, voda v jezeru je vse manj čista. K temu prispevajo tudi izpusti odpadnih voda iz vse številnejših počitniških hišic. Za ohranjanje raznovrstnosti vodnih organizmov je ključno čiščenje odpadnih voda. Dobrodošla pa bi bila tudi opustitev »urejanja« vodotokov na območjih, kjer to ne bi neposredno omejilo človekovih dejavnosti; s tem bi potokom omogočili, da spet razvijejo meandre.

Ribje vrste v Rakitni
Vse vrste rib je na Rakiško planoto najverjetneje vnesel človek, nekatere tudi nehote, morda že z vzpostavitvijo prve stalne naselbine. Prvi so bili verjetno naseljeni kleni (Squalius cephalus). Dograjeno jezero je postalo zanimivo za ribolov. Ribiči so v jezero poskusno naselili številne vrste, nekatere so obstale, druge ne. Največji ulov predstavljajo vrste, ki jih tudi največ naselijo. Prednjači krap (Cyprinus carpio), poleg njega lovijo tudi klena, rdečeoko (Rutilus rutilus), rdečeperko (Scardinius erythrophthalmus), ploščiča (Abramis brama) in navadnega ostriža (Perca fluviatilis). Vložili so tudi tujerodnega rastlinojedega amurja (Ctenopharyngodon idella) in ameriško postrv šarenko (Oncorhynchus mykiss), ki pa se na srečo v jezeru ne razmnožujeta. Zaradi rastlinojedih vrst rib in utrjenih brežin namreč skoraj ni vodnih rastlin, kar je sicer ugodno za kopalce, a slabo za samočistilno sposobnost jezera. Danes se v jezeru drstijo le manj zahtevne vrste. Z brega bomo najlažje opazili klene, ki pa praviloma hitro pobegnejo. Ob primerni svetlobi in pozornem opazovanju bomo videli tudi majhne navadne ostriže. Ponavadi plavajo v skupinah, od drugih vrst jih ločimo po prečnih progah. Poleti se sredi jezera tik pod gladino sončijo veliki krapi.

Razmnoževanje ali drstenje rib
Večina vrst rib se drsti v času, ko je za njihove ličinke največ hrane, ko je najmanj plenilcev abiotski pogoji pa so primerni. Pozno jeseni se drsti potočna postrv (Salmo trutta fario). Njene ikre so večje kot pri ostalih ribah, kar predstavlja pomembno prednost – večje so tudi izležene ličinke. Druga skupina ribjih vrst se drsti zgodaj spomladi. Mednje sodi ščuka (Esox lucius), ki ikre prileplja na rastline v plitvi vodi, kjer je zaradi višje temperature razvoj hiter. Ko se izležejo mladice drugih vrst rib, so mladice ščuke ravno dovolj velike, da jih lahko plenijo. Tretjo skupino predstavljajo pozno pomladanske in poletne drstnice. Med te spada večina vrst rib, najbolj pogoste so klen, zelenika (Alburnus alburnus alburnus), rdečeperka.

Potočni raki
Na območju Rakitne živita potočna raka koščak (Austropotamobius torrentium) in jelševec (Astacus astacus), ki sta oba zaščitena. Prvi je avtohton (domoroden), drugi pa je bil na Rakitno verjetno prinešen. Jelševca najdemo predvsem v jezeru ter v izlivnih delih potokov, koščaka pa v zgornjih delih potokov in pred ponori. Najlažje ju ločimo po obliki konice glave in trnih.

Jelševec ima na Rakitni dolgo zgodovino. V preteklosti so ga množično lovili. Prodaja rakov je Rakičanom še v drugi polovici 20. stoletja prinašala pomemben postranski prihodek. V najboljših vodah si je pravico do lova zakupilo ali drugače prisvojilo plemstvo in vode varovalo z najetimi čuvaji. Krivolov so strogo kaznovali.

Čeprav potočni rak diha s škrgami, lahko zunaj vode preživi več dni, če le ne dehidrira. Njegove škrge so nameščene v votlini pod prsnim košem, ki je lahko napolnjena z vodo ali zrakom. Če najdemo raka na suhem, ga ne smemo vreči v vodo, saj ujetega zraka ne bo mogel izčrpati iz koša. Najbolje je, če ga položimo na breg ali kamen, od koder bo sam našel pot v vodo.

Izraz »rak rana« ne izvira iz rakavih bolezni, temveč iz prehranjevalnih navad raka. Ko se rak loti plena, ga zlepa ne spusti. Ko se loti večjega plena, ga lahko z močnimi škarjami drži, ne more pa ga pokončati in ga navadno obira kar pri živem telesu.